bioinformatics

5ısı

3cevap

ggplot2 içinde geom_stat/geom_smooth kullanırken güven aralığında ve altında puan bulma

Ben bir dağılım grafiği var, ben güven aralıkları satırlarının üstünde ve altında genleri nasıl bulabilirim bilmek istiyorum? DÜZENLEME: tekrarlanabilir örnek: library(ggplot2) #dummy data df <- mtc

r ggplot2 statistics bioinformatics 2015-10-12

---

5ısı

1cevap

Büyük veri kümesinde işlemler gerçekleştirme

DNA dizisi parçaları hakkında bilgi içeren bir PSL kaydında bazı analizler yapmak zorundayım. Temel olarak aynı okuma ile aynı kontrolden gelen girdileri bulmak zorundayım (bunlar PSL girişindeki her

python python-3.x bioinformatics 2015-05-26

---

6ısı

1cevap

Ensembl ID'yi R'deki gen sembolüne nasıl dönüştürebilirim?

Bir sütunda Ensembl ID'leri içeren bir data.frame'im var; Bu sütunun değerleri için karşılık gelen gen sembollerini bulmak ve veri çerçevemde yeni bir sütuna eklemek istiyorum. bioMaRt kullandım ama E

r dataframe bioinformatics bioconductor 2015-02-16

---

-8ısı

1cevap

Sorunları 'benim'

Ben MultiFASTA dışına çizgilerini çekin ve Threader yoluyla bunları çalıştırmak için tasarlanmış bir program var: #¡/usr/bin/perl use warnings; use strict; use File::Temp qw(tempfile); my $filena

perl bioinformatics 2016-03-20

---

0ısı

1cevap

needleman wunsh loop matlab'ı sonlandırmıyor

Matlabda bir işlev olarak needleman wunsh algoritmasını uygulamaya çalışıyorum. İşlev, aynı boyuttaki sekanslar için doğru şekilde çalışır ancak farklı boyutlarda, iki dizinin en yüksek uzunluğa sahip

matlab matrix bioinformatics 2016-03-23

---

5ısı

4cevap

iPython defterinde argparse ile yazılmış modül nasıl çağrılır?

iPython'un dizüstü ortamında BioPython dizilerini Ilya Stepanov's implementation of Ukkonen's suffix tree algorithm'a aktarmaya çalışıyorum. Argparse bileşeni üzerinde tökezliyorum. Daha önce asla arg

python ipython bioinformatics biopython suffix-tree 2015-06-05

---

0ısı

1cevap

Birden çok fasta dizisi nasıl tercüme edilir?

Bu yüzden çevirmek istediğim birden fazla diziye sahip bir FASTA dosyasına sahibim (cDNA böylece bir başlangıç ​​kodonu aramasına gerek yok). Biraz temizleyebilirim ve sadece dizileri yazdırmak için a

bioinformatics fasta 2016-03-29

---

8ısı

1cevap

Python'daki Yinelemeli Jeneratörler

Bir birincil dizeden n öğelerinden fazla öğe içeren belirli bir uzunluktaki alt dizeleri her benzersiz bileşimini içeren bir üreteç döndürmek için bir işlev yazdım. Bir örnek olarak : i elde etmek ist

python recursion generator bioinformatics 2012-04-22

---

8ısı

2cevap

Regex Protein Sindirimi

Yani, bir tek-harfli kodlanmış dizide B ya da D tarafından kodlanan proteinler önce parçalayan bir enzim (merakınız için, Asp-N) ile bir protein dizisi sindiriyorum. Gerçek analizim, yakalamalar için

ruby regex bioinformatics 2011-05-18

---

5ısı

1cevap

Düz Metinden Ayıklama Bilgisi ve XML'e Yazma DOM Kullanılıyor

Şu anda, glikobiyoloji alanında bazı format dönüştürme araçları tasarlıyorum. Biçim dönüşümü, bir metin dosyasından tarlada standart olan bir XML dosyasına gitmeyi içerir. Çoğu zaman, aldığımız verile

python xml dom bioinformatics 2011-07-07

---