fasta

0ısı

1cevap

Birden çok fasta dizisi nasıl tercüme edilir?

Bu yüzden çevirmek istediğim birden fazla diziye sahip bir FASTA dosyasına sahibim (cDNA böylece bir başlangıç kodonu aramasına gerek yok). Biraz temizleyebilirim ve sadece dizileri yazdırmak için a

2ısı

3cevap

Dosya adlarını satırların sonuna ekle

Birçok fasta dosyam var ve dosyaların sonuna satırların sonuna eklemek istiyorum (başlık satırı). Bunu 1 by 1 by sed tarafından nasıl yapacağımı biliyorum ama birçok dosya için daha iyi bir çözüm arıy

7ısı

2cevap

R paketini kullanarak fasta dosyalarını yazma seqinr? Ben seqinr içinde write.fasta kullandığınızda

, bu çıkışı dosya şuna benzer: başka deyişle >Sequence name 1 >Sequence name 2 >Sequence name 3 ...etc Sequence 1 Sequence 2 Sequence 3 ...etc , dizi adları dosyasının başında hepsi ve daha s

5ısı

3cevap

Dosyadan okunurken arabelleği genişletmek için realloc kullanma

fasta files okunması gereken bir kod yazıyor, bu nedenle kodumun bir kısmı (aşağıda verilmiştir) bir fasta ayrıştırıcısıdır. Tek bir sıra, fasta biçiminde birden çok satıra yayılabildiğinden, dosyadan

0ısı

1cevap

Eğer alternatif nükleotid yanlış anlamlı mutasyona yol açarsa

SNP'lerle ve SNP'ler olmadan büyük sekans verilerini karşılaştırmaya çalışıyorum ve snps'i eş anlamlı olmayan veya eşanlamlı olarak işaretliyorum. Söylemem gereken bir ref[test$pos]=as.vector(test$ALT

7ısı

3cevap

MultiFASTA dosya işleme

ben merak oldu. Ayrıca bir R BI iletkenlik çözümü veya bir BioPerl modülü yapardı, ama hiçbir şey bulamadım. Yardımcı olabilir misiniz? Çok teşekkürler :-)