biopython

5ısı

4cevap

iPython defterinde argparse ile yazılmış modül nasıl çağrılır?

iPython'un dizüstü ortamında BioPython dizilerini Ilya Stepanov's implementation of Ukkonen's suffix tree algorithm'a aktarmaya çalışıyorum. Argparse bileşeni üzerinde tökezliyorum. Daha önce asla arg

-1ısı

1cevap

BioPython: İşlenmemiş RNAseq okumaları (kalite filtreleme ve kırpma)

Hizalamadan önce Biopython kullanarak ön işlem yapmaya çalıştığım ham, hizasız bir fastq.gz dosyası var. Sonunda, düşük kaliteli okumaları, poliA kuyruklarını, bulanık eşleştirmeyi kullanarak adaptörl

0ısı

1cevap

Bir genbank dosyasının sırasını biyopthon kullanarak YENİ bir genbank dosyasına nasıl düzenlerim VE SAVE?

Sorunun bir .gbk dosyası var ve ben "Nuclotide Adresi: Doğru nükleotid" formatına uygun olarak düzeltmeler listesi var ben açmak ve kesin ayrıştırmak bilen 1:T 2:C 4:A 63:A 324:G etc... list(Se

7ısı

3cevap

MultiFASTA dosya işleme

ben merak oldu. Ayrıca bir R BI iletkenlik çözümü veya bir BioPerl modülü yapardı, ama hiçbir şey bulamadım. Yardımcı olabilir misiniz? Çok teşekkürler :-)

6ısı

3cevap

Biopython - python Kurulum 3.3 kayıt defterinde bulunamadı

Bir Windows7 bilgisayarında Python 3.3 ile çalıştırmak için biopython yüklemeye çalışıyorum. Biopython yürütülebilir biopython-1.61.win32-py3.3-beta.exe dosyasını indirdim. Ancak, çalıştırılabilir dos

6ısı

2cevap

Hizalama parametreleri verildiğinde hizalanmış sıralar için bir skor hesaplayabilen bir fonksiyon var mı?

Zaten hizalanmış sıraları kaydetmeye çalışıyorum. verilen parametrelere substitution matrix : blosum62 gap open penalty : -5 gap extension penalty : -1 Ben BioPython yemek kitabı aracılığıyla benz