R coxph() uyarı: Loglik

Question

değişkeninden önce yakınsadı coxph() kullanarak sorun yaşıyorum. İki kategorik değişkenim var: Tahminci değişkenler olarak kullanmak istediğim Sex ve Muhtemel Sebebi. Seks sadece tipik erkek/dişi ama Muhtemel Sebep 5 seçeneği vardır. Uyarı mesajıyla ilgili sorunun ne olduğunu bilmiyorum. Neden güvenlik aralıkları 0'dan Inf'a ve p değerleri çok yüksek?

> my_coxph <- coxph(Surv(tempo,status) ~ factor(Sexo)+ factor(Causa.provavel) ,   data=ceabn) 
Warning message: 
In fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights = weights, : 
Loglik converged before variable 2,3,5,6 ; beta may be infinite. 

> summary(my_coxph) 
Call: 
coxph(formula = Surv(tempo, status) ~ factor(Sexo) + factor(Causa.provavel), 
data = ceabn) 

n= 43, number of events= 31 

              coef exp(coef) se(coef)  z Pr(>|z|) 
factor(Sexo)macho      7.254e-01 2.066e+00 4.873e-01 1.488 0.137 
factor(Causa.provavel)caca    2.186e+01 3.107e+09 9.698e+03 0.002 0.998 
factor(Causa.provavel)colisao linha MT 1.973e+01 3.703e+08 9.698e+03 0.002 0.998 
factor(Causa.provavel)indeterminado 9.407e-01 2.562e+00 1.683e+04 0.000 1.000 
factor(Causa.provavel)predacao   2.170e+01 2.655e+09 9.698e+03 0.002 0.998 
factor(Causa.provavel)predado   2.276e+01 7.659e+09 9.698e+03 0.002 0.998 

             exp(coef) exp(-coef) lower .95 upper .95 
factor(Sexo)macho      2.065e+00 4.841e-01 0.7947  5.368 
factor(Causa.provavel)caca    3.107e+09 3.219e-10 0.0000  Inf 
factor(Causa.provavel)colisao linha MT 3.703e+08 2.701e-09 0.0000  Inf 
factor(Causa.provavel)indeterminado 2.562e+00 3.904e-01 0.0000  Inf 
factor(Causa.provavel)predacao   2.655e+09 3.766e-10 0.0000  Inf 
factor(Causa.provavel)predado   7.659e+09 1.306e-10 0.0000  Inf 

Concordance= 0.752 (se = 0.059) 
Rsquare= 0.608 (max possible= 0.987) 
Likelihood ratio test= 40.23 on 6 df, p=4.105e-07 
Wald test   = 7.46 on 6 df, p=0.2807 
Score (logrank) test = 30.48 on 6 df, p=3.183e-05 

sorduğumda

Answer 1

Terry Therneau (pkg yazarı: hayatta kalma) Teşekkürler: o birkaç yıl önce söyledi testi için tetiklediği

İşte kod ve çıkış var Bu uyarının aşırı duyarlı olmasını sağlayın. Genel olarak uyarı doğru değildir. Genellikle katsayılarınızı sonsuz olmadıklarını görmek için bakabilirler

Sizin durumunuzda, verilerinizle ilgili sorunların olabileceği konusunda sizi uyarıyor olabilirsiniz, çünkü çok büyük katsayılarınız vardır. Üstel bir modelde 2.276e + 01 (= 22.7) 'lik bir beta katsayısı gülünç bir şekilde yüksektir. Tahmin edilen nispi risk bir milyonun üzerindedir! Tam ayırma sorunları için verilerinizin tablo sınıflandırmasına bakmalısınız. Kontrol grubunuzdan herhangi biri öldü mü?