yüzücü hayatta kalma arsa

Question

R'de yüzücü bir komplo oluşturmanın kolay bir yolu var mı? KM eğrisindeki ile aynı veriler, ancak her bir hayatta kalma, bir çizgi olarak temsil edilir. Örnek:

ben stackoverflow, R-yardım posta listesi arandı ve benim arama tekniği optimal olabilir ama bariz bir cevabı olmayan Dr Google'ı danıştım. Teşekkür ederim!

**** BAŞVURAN **** Uygun bir soru sormadığı için özür dilerim - bu benim ilk kez! Şimdilik bu beni yeterince yakın alır

  OS DeathYN TreatmentGroup 
4 444 days  1    0 
5 553 days  1    0 
8 812 days  0    0 
1 844 days  0    0 
10 1071 days  0    0 
9 1147 days  0    0 
6 1349 days  0    0 
3 1375 days  0    0 
2 1384 days  0    1 
7 1687 days  0    0 

orderedData$GroupColor[orderedData$TreatmentGroup==0] <- "yellow" 
orderedData$GroupColor[orderedData$TreatmentGroup==1] <- "red" 
orderedData$YCoord <- barplot(as.numeric(orderedData$OS), horiz=TRUE, col=orderedData$GroupColor, xlim=c(0,max(orderedData$OS) + 50), xlab="Overall Survival") 
points(x=20+as.numeric(orderedData$OS), y=orderedData$YCoord,pch=62, col="green") 
legend(1000,2, c("Control", "Treatment", "still living"), col=c("yellow","red", "green"), lty=1, lwd=c(10,10,0),pch=62) 

fakat estetik mükemmel değildir: etrafında oynamak, ben aşağıdakileri yapmak mümkün oldum. Bir paket ya da daha iyi bir çözüm varsa, birisi onu görmeyi çok isterim!

Answer 1

Yüzücü bir çizim oluşturmanın "kolay" bir yöntemini istediniz. Bu muhtemelen umduğundan biraz daha fazla söz konusu, ama ne yazdığına çok yakın. Çok fazla yüzücü çizmek gerekirse, bunu sizin için işe yarayan bir şeye dönüştürebilir ve sonra bir işleve dönüştürebilirsiniz.

İlk bazı sahte veri oluşturmak:

library(ggplot2) 
library(reshape2) 
library(dplyr) 
library(grid) 

set.seed(33) 
dat = data.frame(Subject = 1:10, 
       Months = sample(4:20, 10, replace=TRUE), 
       Treated=sample(0:1, 10, replace=TRUE), 
       Stage = sample(1:4, 10, replace=TRUE), 
       Continued=sample(0:1, 10, replace=TRUE)) 

dat = dat %>% 
    group_by(Subject) %>% 
    mutate(Complete=sample(c(4:(max(Months)-1),NA), 1, 
         prob=c(rep(1, length(4:(max(Months)-1))),5), replace=TRUE), 
     Partial=sample(c(4:(max(Months)-1),NA), 1, 
         prob=c(rep(1, length(4:(max(Months)-1))),5), replace=TRUE), 
     Durable=sample(c(-0.5,NA), 1, replace=TRUE)) 

# Order Subjects by Months 
dat$Subject = factor(dat$Subject, levels=dat$Subject[order(dat$Months)]) 

# Melt part of data frame for adding points to bars 
dat.m = melt(dat %>% select(Subject, Months, Complete, Partial, Durable), 
      id.var=c("Subject","Months")) 

Şimdi arsa için:

ggplot(dat, aes(Subject, Months)) + 
    geom_bar(stat="identity", aes(fill=factor(Stage)), width=0.7) + 
    geom_point(data=dat.m, 
      aes(Subject, value, colour=variable, shape=variable), size=4) + 
    geom_segment(data=dat %>% filter(Continued==1), 
      aes(x=Subject, xend=Subject, y=Months + 0.1, yend=Months + 1), 
      pch=15, size=0.8, arrow=arrow(type="closed", length=unit(0.1,"in"))) + 
    coord_flip() + 
    scale_fill_manual(values=hcl(seq(15,375,length.out=5)[1:4],100,70)) + 
    scale_colour_manual(values=c(hcl(seq(15,375,length.out=3)[1:2],100,40),"black")) + 
    scale_y_continuous(limits=c(-1,20), breaks=0:20) + 
    labs(fill="Disease Stage", colour="", shape="", 
     x="Subject Recevied Study Drug") + 
    theme_bw() + 
    theme(panel.grid.minor=element_blank(), 
     panel.grid.major=element_blank(), 
     axis.text.y=element_blank(), 
     axis.ticks.y=element_blank())