Python'da .mhd/ .raw dosyalarını içeren bir veri kümesini okuyabildiğim yolu söyleyebilecek misiniz?Okuma * .mhd/*. Raw formatı python
5
A
cevap
5
kolay yolu SimpleITK kullanmaktır. Pek çok python sürümü için çalışan . .mhd okuma için/bu kodu size bu z içeren bir numpy dizi verecektir SimpleITK
import skimage.io as io
img = io.imread('file.mhd', plugin='simpleitk')
yükledikten sonra daha da kolay olabilir skimage kullanma from kaggle
import SimpleITK as sitk
import numpy as np
'''
This funciton reads a '.mhd' file using SimpleITK and return the image array, origin and spacing of the image.
'''
def load_itk(filename):
# Reads the image using SimpleITK
itkimage = sitk.ReadImage(filename)
# Convert the image to a numpy array first and then shuffle the dimensions to get axis in the order z,y,x
ct_scan = sitk.GetArrayFromImage(itkimage)
# Read the origin of the ct_scan, will be used to convert the coordinates from world to voxel and vice versa.
origin = np.array(list(reversed(itkimage.GetOrigin())))
# Read the spacing along each dimension
spacing = np.array(list(reversed(itkimage.GetSpacing())))
return ct_scan, origin, spacing
0
(MedPy çok .mhd/.raw dosyaları ITK kullanır) Sen MedPy kullanmayı deneyebilirsiniz veya bu mhd_utils script
3
kullanabilirsiniz .raw, y, x sıralama.
BTW, [this] (http://stackoverflow.com/questions/37989196/how-do-i-open-mhd-file-corresponding-to-a-raw-file-in-blender-3d-tool) soru aynı. Birisi onları birleştirebilir mi? – savfod