Komşu birleştirme ağacını çizmek için R paketini adegenet
kullanıyorum.Adegenet R paketini kullanarak bir ağaçta farklı küme için farklı renk
Benim dosyamda 20.000 sütun ve 500 satır var. Satırlar bireylere karşılık gelir. İlk sütüm Nüfus Kimliği ve ikinci sütun Bireysel Kimliği. Sütunlar 0,1 & 2 değerlerini içerir. Bir ağacın bir renkte çizilebilmesini sağlıyorum, ancak popülasyona bağlı olarak her kümenin farklı bir renk olmasını istiyorum.
Bu ne yaptım, ben şu hata edge.col=c("red","green","blue")
denerseniz "dat" o zaman,
D<-dist(as.matrix(dat))
tre<-nj(D)
plot(tre, type = "unr", show.tip.lab = TRUE, cex=0.3, font=1, edge.col="Blue")
benim veri dosyası ise:
Error in if (use.edge.length) unrooted.xy(Ntip, Nnode, z$edge, z$edge.length, :
argument is not interpretable as logical
Hasta herhangi bir yardım takdir!
Teşekkürler @Vincet! Aradığım şey buydu. Örnekleri isme göre seçici bir şekilde silmenin bir yolu var mı? Bazı örnekler ağacın büyük zamanını mahvediyor. – akang
Rica ederim. 'Ape' de '? Drop.tip '' ye bakın. –